El P. Rodríguez falleció el 4 de abril de 1993 en la Enfermería de Fátima. Después de haber trabajado en la Universidad del Pacífico, de ser Asesor de ACUP (Agrupación Católica Universitaria Peruana – Congregación Mariana Universitaria) y del grupo «Voluntarios del Papa», pasó muchos años trabajando con entusiasmo y abnegación en la zona de selva del Vicariato San Francisco Javier, donde le tienen un gran cariño y le recuerdan siempre.

Precisamente, la Biblioteca del Centro Cultural de Santa María de Nieva se llama «Biblioteca Pancho Kapantu», en recuerdo de Francisco. Al querido «Padre Pancho» le llamaban «Kapantu» (de color rojo), porque se ponía rápidamente
colorado.